• Pérdida de la biodiversidad acuática, de las pesquerías río arriba y abajo, y de los servicios brindados por las planicies de inundación río abajo, por los humedales, y por los ecosistemas de las riberas, y estuarios adyacentes.
• Pérdida de bosques y de hábitat naturales, de poblaciones de especies, y la degradación de las cuencas río arriba debido a la inundación de la zona de los embalses.
• Impactos acumulativos en la calidad del agua, en las inundaciones naturales y en la composición de las especies, cuando en el mismo río se construyen varias represas.
Las centrales hidroeléctricas en el Baker y el Pascua tendrían numerosos efectos sobre los ecosistemas y animales asociados a estos ríos. El primero y el más obvio es la pérdida de hábitat que se produce por el área de inundación directa de bosques, de matorrales y áreas rocosas, además de la muerte y el ahogo de especies que no son capaces de escapar o de ser rescatadas a tiempo del agua.
Esto afecta desde los grandes mamíferos como el huemul, ciervo símbolo de Chile y que se encuentra en grave peligro de extinción que se verá severamente afectado, hasta pequeñas y desconocidas especies de insectos y anfibios.
También sufren los efectos negativos quienes utilizan el río como rutas de desplazamiento dentro de su ciclo de vida como algunos peces nativos, mamíferos acuáticos como el escaso huillín o nutria de río, y aves tan singulares en su modo de vida como el pato correntino.
Entre algunas de las especies de la fauna nativa más susceptibles, es posible destacar también al cóndor, la vizcacha austral, el carpintero negro, el peludo, el quique, y numerosas aves de ribera asociadas a los humedales que perderán sus sitios regulares de alimentación, anidación y refugio.
La presencia de líneas de alta tensión además representan un grave peligro de colisión y muerte de aves rapaces, patos, gansos, bandurrias y cisnes, constituyendo así una barrera adicional que impone el hombre para la sobrevivencia de estas y otras especies. Además hay que considerar que una línea de esta longitud equivale a una franja de terreno desnudo de 2.400 há, en lo que representa una importante interrupción de los ecosistemas así como una pérdida importante de hábitat y bosque nativo en áreas supuestamente protegidas.